El Instituto Superior de Ciencias Religiosas “Santa María de Guadalupe” cuenta con Autoridades Académicas comunes y propias.

Las Autoridades Académicas comunes son:

• El Gran Canciller de la Facultad de Teología de la UPSA
• El Decano de la Facultad de Teología de la UPSA
• El Consejo de Facultad.

Las Autoridades Académicas propias del Instituto son:

1. Órganos unipersonales:

• El Moderador (Sr. Arzobispo)
• El Director

1. Órganos colegiados:

• El Consejo del Instituto
• El Claustro Académico